1927 als Kooperative und damit allererstes Weingut der Region Ribera del Duero gegründet, wurden bei der Exposición de Vinos Nacionales während der Weltausstellung 1929 in Barcelona bereits die ersten Jahrgänge 1927 und 1928 der Bodegas Protos jeweils mit einer Goldmedaille ausgezeichnet.

Auf einem Tunnelnetz von rund 2 Kilometern unterhalb der Burg Peñafiel werden die Weinfässer in der historischen Bodega weiterhin unterirdisch gelagert. Seit 1986 werden immer neue hochmoderne Weinkellereien hinzu gebaut, so zum Beispiel 2006 auch in Rueda, wo der Protos Verdejo hergestellt wird. Vor allem aber beeindruckt das 2008 erbaute Gebäude in Peñafiel mit einer perfekten Symbiose aus architektonischer Kunst und Ausstattung mit modernster Technologie.